La demande de reconnaissance du bénéfice de la mention "Agriculture biologique" fait l'objet d'une procédure nationale d'opposition d'une durée de deux mois organisée par le directeur de l'Institut national de l'origine et de la qualité après avis du comité national compétent.
L'annonce de l'ouverture de cette procédure, de son objet et de son terme est publiée au Journal officiel de la République française. Elle indique également l'adresse de l'Institut national de l'origine et de la qualité ainsi que celle du site internet de cet établissement où le projet de cahier des charges peut être consulté.
Les oppositions motivées sont adressées par écrit à l'Institut national de l'origine et de la qualité dans le délai de deux mois prévu pour la consultation. Elles sont notifiées par l'institut au demandeur, qui dispose d'un délai de deux mois pour y répondre. La réponse est portée par l'institut à la connaissance de l'opposant, qui dispose d'un délai de quinze jours pour formuler d'autres observations.
L'Institut national de l'origine et de la qualité notifie aux auteurs des oppositions les suites qui y sont données.