Le commissariat comprend une délégation aux transports terrestres, une délégation aux transports maritimes et une délégation aux transports aériens.

Chaque délégation est dirigée par un commissaire délégué.

Les fonctions de commissaires délégués aux transports terrestres, aux transports maritimes et aux transports aériens sont exercées par les directeurs d'administration centrale chargés de ces domaines, sauf disposition contraire. Les commissaires délégués sont assistés par des officiers supérieurs désignés par arrêté des ministres chargés des transports et de l'équipement, sur proposition du ministre de la défense.

Le commissariat aux transports et aux travaux publics et de bâtiment dispose de personnels civils désignés par les ministres chargés des transports et de l'équipement et de personnels militaires, d'active ou de réserve, désignés par le ministre de la défense. Ces effectifs peuvent être complétés par du personnel soumis aux obligations du service de défense.

Les missions, l'organisation et le fonctionnement du commissariat aux transports et aux travaux publics et de bâtiment sont précisés par arrêté conjoint du ministre de la défense et des ministres chargés des transports et de l'équipement.