La commission se réunit sur convocation de son président. La convocation est de droit si elle est demandée par le directeur général de FranceAgriMer ou par un acheteur ou un producteur passible d'une amende administrative, qui fait usage de la faculté ouverte à l'article L. 654-32.

Le directeur général de FranceAgriMer adresse aux membres de la commission, au moins quinze jours avant la date d'une réunion, l'ordre du jour accompagné des réclamations des parties et, le cas échéant, des conclusions des procès-verbaux de constat, des montants des amendes administratives encourues par les acheteurs ou les producteurs et des remarques écrites présentées par ces derniers.

Les acheteurs ou les producteurs qui font usage de la faculté ouverte à l'article L. 654-32 peuvent transmettre leurs remarques écrites avant la réunion de la commission ; ils peuvent également les présenter oralement pendant une réunion de la commission. Si l'acheteur de lait ou le producteur est une personne morale, il est représenté par une personne exerçant les fonctions de direction. Cette personne ne peut pas se faire représenter. Elle peut consulter le dossier concernant l'acheteur ou le producteur au siège de FranceAgriMer.