Une personnalité qualifiée, nommée pour trois ans par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, préside la commission de conciliation. Son mandat est renouvelable. Il vient à échéance en même temps que celui des autres membres de cette commission.
Un vice-président est désigné chaque année par la commission par rotation entre les trois familles professionnelles mentionnées respectivement aux 3°, 4° et 5° de l'article D. 654-96.