Le ministre de la défense préside les conseils de la fonction militaire. Toutefois, le conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale peut, en fonction de l'ordre du jour, être présidé soit par le ministre de la défense, soit par le ministre de l'intérieur, soit par ces deux ministres.

Le chef d'état-major de chaque armée, le directeur général de la gendarmerie nationale, le délégué général pour l'armement, le directeur central du service de santé des armées et le directeur central du service des essences des armées en sont respectivement les vice-présidents. Ils en assurent la présidence effective à la demande du ou des ministres intéressés.