Chaque conseil de la fonction militaire dispose d'un secrétariat permanent dirigé par un secrétaire général, officier supérieur, désigné par le ministre de la défense. Le secrétaire général du conseil de la fonction militaire de la gendarmerie nationale est désigné par le ministre de la défense sur proposition du ministre de l'intérieur.

Le secrétaire général assiste aux sessions, mais ne participe pas aux votes. Les secrétaires généraux des conseils de la fonction militaire relèvent directement des vice-présidents mentionnés à l'article R. 4124-8. Le ou les ministres intéressés peuvent déléguer leur signature aux secrétaires généraux pour les besoins du fonctionnement des conseils de la fonction militaire.

Le secrétaire général de chaque conseil de la fonction militaire peut être assisté d'un adjoint qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement. L'adjoint au secrétaire général d'un conseil de la fonction militaire est désigné dans les mêmes formes que le secrétaire général.

L'adjoint du secrétaire général peut recevoir délégation de signature du ministre en cas d'absence ou d'empêchement du secrétaire général.