A Mayotte, les pouvoirs conférés par les articles R. 218-1 et D. 218-4 à R. 218-11 au préfet maritime sont exercés par le représentant de l'Etat en mer mentionné à l'article 1er du décret n° 2005-1514 du 6 décembre 2005 relatif à l'organisation outre-mer de l'action de l'Etat en mer, dans les limites de sa zone de compétence.

Les pouvoirs prévus aux articles R. 218-6 et R. 218-9 autres que ceux conférés au préfet maritime sont exercés, selon le cas, par le représentant de l'Etat ou par celui de la collectivité départementale de Mayotte lorsqu'il s'agit d'un port relevant de la compétence de cette dernière.