Le conseil d'administration de l'agence comprend :
1° Un député et un sénateur désignés par l'Office parlementaire d'évaluation des choix scientifiques et technologiques ;
2° Six représentants de l'Etat, nommés sur proposition respective des ministres chargés de l'énergie, de la recherche, de l'environnement, du budget, de la défense et de la santé ;
3° Sept personnalités qualifiées, dont :
- deux élus locaux ;
- deux personnalités qualifiées désignées en raison de leur expérience dans le domaine des activités nucléaires ;
- deux personnalités qualifiées proposées par le ministre chargé de l'environnement ;
- une personnalité qualifiée au titre de la recherche ;
4° Huit représentants des salariés de l'agence, élus conformément aux dispositions du décret n° 83-1160 du 26 décembre 1983 portant application de la loi du 26 juillet 1983 relative à la démocratisation du secteur public.