Le commissaire du Gouvernement placé auprès de l'agence est le directeur général chargé de l'énergie au ministère chargé de l'énergie. Il peut à tout moment se faire communiquer tous documents, pièces ou archives et procéder ou faire procéder à toutes vérifications. Il fait connaître l'avis du Gouvernement sur les problèmes évoqués.

En cas d'empêchement, il peut se faire représenter aux séances du conseil d'administration ou du comité financier par un fonctionnaire placé sous son autorité.