Les fonctions d'agent comptable sont confiées soit à un agent des services déconcentrés du Trésor, soit à un fonctionnaire du ministère chargé de la mer. Un même agent comptable peut se voir confier les postes comptables de plusieurs établissements publics locaux d'enseignement ou d'un établissement public national et d'un ou de plusieurs établissements publics locaux d'enseignement. Les agents comptables sont nommés par le préfet de région après information préalable de la collectivité territoriale de rattachement et pour les agents des services déconcentrés du Trésor, sur proposition du comptable supérieur du Trésor territorialement compétent. Ils prêtent serment devant la chambre régionale des comptes.