Le directeur général de FranceAgriMer décide de l'attribution de l'indemnité au bénéficiaire, sur proposition du préfet.
La liquidation et le paiement de l'indemnité sont assurés par FranceAgriMer. L'indemnité est payée en une seule fois, au cours de la campagne suivant celle au cours de laquelle le producteur a cessé son activité.