Les tarifs de la certification de la parenté sont fixés par l'établissement de l'élevage agréé en application de son cahier des charges, de manière transparente, non discriminatoire et en tenant compte des coûts de revient de cette prestation. Ils sont établis de manière à éviter de pénaliser les éleveurs dont l'exploitation est éloignée ou difficile d'accès. Lorsqu'un établissement de l'élevage propose une prestation complémentaire ne relevant pas du service de certification de la parenté, il distingue, dans son offre et dans sa facturation, cette prestation de la prestation de certification.