Conformément à l'article 46 du règlement (CE) n° 1122/2009 de la Commission du 30 novembre 2009 susmentionné et avant le versement de la contribution, l'établissement mentionné à l'article L. 313-1 assure le contrôle d'un échantillon d'au moins 10 % des demandes d'indemnisation déposées par programme d'indemnisation auprès du fonds de mutualisation.

Ce contrôle permet de vérifier pour chaque agriculteur concerné le respect des critères et conditions d'admissibilité définis par la réglementation et le montant d'indemnisation correspondant.

Le fonds de mutualisation a l'obligation de conserver la totalité des pièces relatives à la contribution attribuée durant les trois années civiles suivant l'année du dernier acte relatif à la demande de contribution ou suivant l'année du versement de celle-ci.

En cas de manquement à une de ces obligations constaté lors de ce contrôle, le montant de la contribution est corrigé sur la base des éléments constatés lors du contrôle et d'une extrapolation de ce constat au montant total de la contribution versé au fonds de mutualisation pour le programme d'indemnisation concerné.

Une réduction est ensuite appliquée au montant de la contribution corrigé selon les modalités précisées à l'article D. 361-75. Cette réduction se fonde sur le calcul d'un taux d'écart au sein de l'échantillon de 10 % des demandes individuelles d'indemnisation contrôlé. Ce taux d'écart est égal à la différence entre le montant de la contribution calculé sur la base des déclarations et le montant de la contribution calculé sur la base des éléments constatés rapportée au montant de la contribution calculé sur la base des éléments constatés lors du contrôle.