Le ministre chargé de l'agriculture instruit les programmes d'indemnisation et procède à l'évaluation de la contribution.

Il vérifie notamment :

― le respect des conditions prévues aux articles D. 361-65 et D. 361-68 ;

― l'absence d'indemnisation des pertes économiques énumérées dans le programme d'indemnisation au titre d'autres dispositions nationales ou d'autres régimes de l'Union européenne ;

― l'absence de surcompensation pour les agriculteurs affiliés au fonds de mutualisation des pertes économiques indemnisées.

En application des dispositions de l'article 19 du règlement (CE) n° 1122/2009 de la Commission du 30 novembre 2009 susmentionné, l'absence de tout ou partie des pièces justificatives prouvant l'admissibilité du programme d'indemnisation ou la non-conformité de ces pièces peut entraîner son inéligibilité partielle ou totale.