Les agents des douanes qui exercent des missions de police judiciaire en application de l'article 28-1 sont dirigés selon les cas soit par le procureur de la République, soit par le juge d'instruction requérant.
A l'occasion d'une enquête judiciaire ou de l'exécution d'une commission rogatoire, ils ne peuvent solliciter ou recevoir des ordres ou instructions que de l'autorité judiciaire qui les a requis.