Le service du commissariat des armées est dirigé par un directeur central, officier général du corps des commissaires de l'armée de terre, de la marine ou de l'air.

La composition et le fonctionnement du conseil de gestion du service du commissariat des armées sont fixés par arrêté du ministre de la défense. Outre les missions qui lui sont dévolues par l'article R. 3231-2, il élabore et définit les orientations générales du service et lui assigne ses objectifs pluriannuels et annuels.