Le service du commissariat des armées assure le recrutement, la gestion et l'administration des militaires d'active et de réserve des corps des commissaires de l'armée de terre, de la marine et de l'air, ainsi que ceux du corps des maîtres ouvriers des armées. Il exerce les mêmes attributions pour les officiers sous contrat rattachés aux trois corps de commissaires.

Il est chargé de définir les besoins en formation du personnel qui lui est affecté. Il contribue à la définition des objectifs et modalités de formation et d'emploi du personnel des armées et des services de soutien dans les domaines de l'administration générale et des soutiens communs.

Le service du commissariat des armées assure également la gestion et l'administration des aumôniers militaires d'active et de réserve ainsi que des aumôniers civils de la défense.