Le service du commissariat des armées est chargé de veiller à la régularité, à la fidélité et à la sincérité des comptabilités tenues dans les armées ; il s'assure du respect des procédures comptables. Il participe à l'organisation et à la mise en œuvre du contrôle interne budgétaire et comptable dans les armées.

Il charge les commissaires désignés à cet effet d'assurer les opérations de contrôle des comptes des trésoriers militaires. Il instruit et règle les dossiers de mise en jeu de la responsabilité pécuniaire de ces trésoriers dans les limites de sa compétence.

Le service du commissariat des armées contribue à l'évaluation de la performance financière des armées et services de soutien ; il leur apporte le concours de ses moyens d'audit comptable et financier.

Il apporte son concours aux autorités de commandement et de direction chargées de s'assurer de la conformité aux dispositions législatives et réglementaires des actes d'administration et de gestion pris dans les armées et services.