Un rapporteur général, membre du corps du contrôle général des armées, et des rapporteurs, choisis parmi les officiers et les fonctionnaires de catégorie A, en activité ou à la retraite, sont nommés par arrêté conjoint du ministre de la défense et du ministre de l'intérieur.
Le secrétariat de la commission est assuré par la direction des ressources humaines du ministère de la défense.