L'agence est administrée par un conseil d'administration dont la composition est la suivante :
1° Cinq représentants de l'Etat :
a) Deux représentants du ministre chargé du logement nommés par ce dernier ;
b) Un représentant du ministre chargé de l'économie nommé par ce dernier ;
c) Un représentant du ministre chargé du budget nommé par ce dernier ;
d) Le chef de la mission interministérielle d'inspection du logement social ;
2° Trois personnalités désignées par le ministre chargé du logement en raison de leurs compétences en matière de logement.
Le mandat des administrateurs est de trois ans. Les membres démissionnaires, décédés ou qui perdent la qualité au titre de laquelle ils ont été nommés sont remplacés. Leurs remplaçants sont désignés pour la durée du mandat restant à courir.
Les administrateurs mentionnés au 1° peuvent disposer d'un suppléant désigné dans les mêmes conditions ou, pour l'administrateur mentionné au d du 1°, proposé par ce dernier parmi ses collaborateurs et nommé conjointement par le ministre chargé du logement et le ministre chargé de l'économie.