Les missions définies aux articles R. 414-9-1 à R. 414-9-7 sont assurées :
-par le préfet maritime lorsque le site Natura 2000 s'étend exclusivement sur des espaces marins situés au-delà de la laisse de basse mer ;
-conjointement par le préfet maritime et par le préfet de département dans tous les autres cas.
Toutefois, si les espaces marins du site s'étendent sur plus d'une zone maritime, un préfet maritime coordonnateur désigné par arrêté du Premier ministre est substitué au préfet maritime ; si les espaces terrestres du site s'étendent sur plus d'un département, un préfet coordonnateur désigné dans les mêmes conditions est substitué au préfet de département.
Le ou les préfets arrêtent la composition du comité de pilotage Natura 2000 conformément aux dispositions de l'article R. 414-8.
Le ou les préfets convoquent et président le comité de pilotage. Ils peuvent en confier la présidence à l'un des membres représentant d'une collectivité territoriale ou d'un groupement de collectivités territoriales.
Le ou les préfets définissent les modalités d'association du comité de pilotage du site Natura 2000 à l'élaboration et au suivi de la mise en œuvre, sous leur autorité, du document d'objectifs.
L'élaboration et le suivi de la mise en œuvre du document d'objectifs peuvent être confiés, pour tout ou partie, par voie de convention, par le ou les préfets à un ou plusieurs membres du comité de pilotage, sur proposition de ce comité.
Le document d'objectifs est soumis à l'accord :
- du commandant de zone maritime pour les mesures qui concernent les espaces marins ;
- du préfet de région pour les mesures qui concernent la pêche maritime ;
- du préfet de département pour les mesures qui concernent le domaine public maritime lorsque le site Natura 2000 est entièrement situé au-delà de la laisse de basse mer ;
- et, le cas échéant, du commandant de la région terre pour les mesures qui concernent les terrains relevant du ministère de la défense et les espaces aériens adjacents.
Le ou les préfets arrêtent le document d'objectifs du site Natura 2000.
L'arrêté est publié au recueil des actes administratifs de la ou des préfectures intéressées et transmis par le préfet ou les préfets aux maires des communes membres du comité de pilotage Natura 2000.
Le document d'objectifs est tenu à la disposition du public dans les services de l'Etat indiqués dans l'arrêté ainsi que dans les mairies des communes membres du comité de pilotage.
Le ou les préfets soumettent au moins tous les trois ans au comité de pilotage Natura 2000 un rapport sur la mise en œuvre du document d'objectifs.
Ils évaluent périodiquement l'état de conservation des habitats naturels et des populations des espèces de faune et de flore sauvages qui justifient la désignation du site et communiquent les résultats de cette évaluation aux membres du comité de pilotage Natura 2000.
Le document d'objectifs est révisé dans les conditions prévues pour son élaboration. Il doit être procédé à sa révision lorsqu'il apparaît que les objectifs qui ont présidé à la désignation du site n'ont pas été atteints ou ne sont pas susceptibles de l'être, en tenant compte de l'évolution des activités humaines sur le site.