Les missions définies aux articles R. 414-9-1 à R. 414-9-7 sont assurées :

-par le préfet maritime lorsque le site Natura 2000 s'étend exclusivement sur des espaces marins situés au-delà de la laisse de basse mer ;

-conjointement par le préfet maritime et par le préfet de département dans tous les autres cas.

Toutefois, si les espaces marins du site s'étendent sur plus d'une zone maritime, un préfet maritime coordonnateur désigné par arrêté du Premier ministre est substitué au préfet maritime ; si les espaces terrestres du site s'étendent sur plus d'un département, un préfet coordonnateur désigné dans les mêmes conditions est substitué au préfet de département.