Le comité élabore son règlement intérieur.

Il se réunit au moins une fois par an.

Il est obligatoirement convoqué dans le mois qui suit la demande du ministre chargé de l'environnement.

Des rapporteurs désignés par le président sont chargés de l'étude et de la présentation des affaires inscrites à l'ordre du jour. Ils sont choisis à l'intérieur ou à l'extérieur du comité.

Le président du conseil d'administration et le directeur général de l'agence de l'eau, le membre du corps du contrôle général économique et financier et le commissaire du Gouvernement auprès de l'agence de l'eau assistent de droit aux séances du comité avec voix consultative.