Lorsqu'il est consulté sur le programme pluriannuel d'intervention ou le taux des redevances en application de l'article L. 213-9-1, le comité se prononce dans un délai d'un mois à compter de sa saisine.
S'il ne se prononce pas dans ce délai ou s'il émet un avis défavorable, le conseil d'administration de l'agence de l'eau lui soumet, dans les deux mois qui suivent, de nouvelles propositions. Le comité se prononce alors dans un délai d'un mois.
Il est réputé avoir donné un avis conforme favorable s'il ne s'est pas prononcé dans ce délai.
S'il émet un nouvel avis défavorable, le taux des redevances et les conditions générales d'aides de l'année précédente continuent de s'appliquer jusqu'à l'obtention d'un avis conforme.
Les avis défavorables du comité doivent être motivés.