La commission de sélection est réunie à l'initiative de l'autorité compétente pour délivrer l'autorisation selon les cas prévus à l'article L. 313-3. En cas d'autorisation conjointe, une des autorités compétentes saisit l'autre autorité qui doit exprimer son accord dans un délai d'un mois.A défaut d'accord à l'expiration de ce délai, la procédure d'appel à projet ne peut pas être engagée.
Les membres de la commission reçoivent par tous moyens, y compris par télécopie ou par courrier électronique, quinze jours au moins avant la date de la réunion, une convocation du président ou des coprésidents comportant l'ordre du jour et les conditions dans lesquelles l'ensemble des documents nécessaires à l'examen des projets, notamment les projets présentés, leur sont rendus accessibles.
Lorsqu'il n'est pas suppléé, un membre de la commission ayant voix délibérative peut donner un mandat à un autre membre. Nul ne peut détenir plus d'un mandat.
Le quorum est atteint lorsque la moitié au moins des membres ayant voix délibérative sont présents ou ont donné mandat. Lorsque le quorum n'est pas atteint, la commission délibère valablement sans condition de quorum après une nouvelle convocation portant sur le même ordre du jour et spécifiant qu'aucun quorum ne sera exigé. Cette nouvelle réunion ne peut intervenir que dans un délai de dix jours suivant la première réunion.
Le procès-verbal de la réunion de la commission indique le nom et la qualité des membres présents, les projets examinés au cours de la séance et le sens des délibérations. Il précise, le cas échéant, le nom des mandataires et des mandants. Tout membre de la commission peut demander que ses observations soient portées au procès-verbal.