Le commissaire du Gouvernement auprès de l'Institut national de l'origine et de la qualité est nommé par arrêté du ministre chargé de l'agriculture. Il peut se faire représenter.
Le commissaire du Gouvernement reçoit les convocations adressées aux membres du conseil permanent, des comités nationaux et régionaux et du conseil des agréments et contrôles et siège avec voix consultative à toutes les réunions de ces instances ainsi, le cas échéant, qu'à celles des commissions permanentes ou des formations restreintes qu'ils constituent.
Il peut demander l'inscription de questions à l'ordre du jour.
Il reçoit, dans les conditions qu'il fixe, copie des délibérations de ces comités et conseil et, s'il le demande, des décisions prises sur délégation de ceux-ci.
Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à toute délibération et demander une nouvelle délibération.
Si, après celle-ci, le désaccord persiste, le commissaire du Gouvernement transmet le dossier au ministre chargé de l'agriculture, sauf dans le cas où la délibération est prise au titre du 1° de l'article L. 642-5.
L'opposition du commissaire du Gouvernement est levée de plein droit si le ministre de tutelle n'a pas statué dans le délai de deux mois à compter de la transmission de la délibération.