Le commissaire du Gouvernement peut s'opposer à toute délibération et demander une nouvelle délibération.
Si, après celle-ci, le désaccord persiste, le commissaire du Gouvernement transmet le dossier au ministre chargé de l'agriculture, sauf dans le cas où la délibération est prise au titre du 1° de l'article L. 642-5.
L'opposition du commissaire du Gouvernement est levée de plein droit si le ministre de tutelle n'a pas statué dans le délai de deux mois à compter de la transmission de la délibération.