Le budget de l'Institut national de l'origine et de la qualité et ses modifications, préparés par le directeur, de même que le compte financier établi par l'agent comptable, sont adoptés par le conseil permanent et approuvés dans les conditions prévues par le décret n° 99-575 du 8 juillet 1999 relatif aux modalités d'approbation de certaines décisions financières des établissements publics de l'Etat.

Le montant des rémunérations pour services rendus perçues par l'Institut national de l'origine et de la qualité est fixé par le directeur de l'établissement, dans le respect de la politique tarifaire déterminée par le conseil permanent.

L'Institut national de l'origine et de la qualité est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.

L'autorité chargée du contrôle financier a accès aux séances des comités nationaux, du conseil des agréments et contrôles et du conseil permanent.

L'Institut national de l'origine et de la qualité est soumis au régime financier et comptable défini par les articles 14 à 25 du décret n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements nationaux à caractère administratif et par les articles 151 et 189 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'agriculture. Il assiste aux séances du conseil permanent et peut assister aux séances des comités nationaux et du conseil des agréments et contrôles.