L'Institut national de l'origine et de la qualité est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat.
L'autorité chargée du contrôle financier a accès aux séances des comités nationaux, du conseil des agréments et contrôles et du conseil permanent.