Les établissements sont soumis au régime financier et comptable applicable aux établissements publics administratifs de l'Etat, ainsi qu'aux dispositions des articles R. 811-97 à R. 811-101 et R. 811-103 à R. 811-113.
Un arrêté conjoint du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget fixe le montant des droits de scolarité acquittés par les étudiants et les conditions d'une exonération éventuelle.