Le contrôle administratif et pédagogique des établissements d'enseignement agricole privés sous contrat relève du ministre de l'agriculture.
Il porte sur le respect des contrats passés avec l'Etat et sur l'observation des dispositions législatives et réglementaires en vigueur.
Le contrôle pédagogique s'exerce sans préjudice des inspections dont sont l'objet les enseignants et les formateurs.
Le contrôle financier des établissements sous contrat est exercé par le trésorier-payeur général du département de leur localisation principale. Il porte sur l'exactitude des données fournies par chaque établissement et sur l'utilisation de l'aide financière de l'Etat.
Chaque association ou organisme responsable d'un établissement doit tenir une comptabilité propre à l'établissement faisant apparaître dans une section séparée la comptabilité des formations initiales sous contrat.
L'établissement est tenu :
a) De tenir sa comptabilité conformément au plan comptable général approuvé par arrêté du ministre de l'économie et des finances, cette comptabilité devant faire apparaître les charges et les produits de l'exercice, les résultats, la situation des immobilisations et le tableau des amortissements correspondants.
Dans le cas où l'établissement a bénéficié de ressources afférentes à la taxe d'apprentissage, l'emploi de ces ressources doit faire l'objet d'un état annexe ;
b) De faire certifier les documents par un comptable agréé. Les établissements sont en outre soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances.
A l'occasion des inspections et contrôles prévus ci-dessus, les documents pédagogiques, administratifs et financiers demandés sont présentés par le directeur de l'établissement, sous la responsabilité du président de l'association ou de l'organisme responsable qui tient le cahier des délibérations et tous autres documents utiles à la disposition des personnels chargés des inspections et contrôles.
L'établissement est tenu de fournir au trésorier-payeur général et au directeur régional de l'alimentation, de l'agriculture et de la forêt , dans les trois mois suivant la clôture de l'exercice, le compte rendu d'activité et les comptes de résultat de cet exercice, dûment approuvés par l'instance compétente prévue par les statuts de l'association ou de l'organisme responsable de l'établissement.