Le contrôle financier des établissements sous contrat est exercé par le trésorier-payeur général du département de leur localisation principale. Il porte sur l'exactitude des données fournies par chaque établissement et sur l'utilisation de l'aide financière de l'Etat.

Chaque association ou organisme responsable d'un établissement doit tenir une comptabilité propre à l'établissement faisant apparaître dans une section séparée la comptabilité des formations initiales sous contrat.

L'établissement est tenu :

a) De tenir sa comptabilité conformément au plan comptable général approuvé par arrêté du ministre de l'économie et des finances, cette comptabilité devant faire apparaître les charges et les produits de l'exercice, les résultats, la situation des immobilisations et le tableau des amortissements correspondants.

Dans le cas où l'établissement a bénéficié de ressources afférentes à la taxe d'apprentissage, l'emploi de ces ressources doit faire l'objet d'un état annexe ;

b) De faire certifier les documents par un comptable agréé. Les établissements sont en outre soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances.