Le contrôle financier des établissements sous contrat appartient au trésorier-payeur général du département où est situé leur siège. Il porte sur l'exactitude des données fournies par chaque établissement en vue de la souscription ou du renouvellement de son contrat et sur l'utilisation de l'aide financière de l'Etat.

Chaque établissement est tenu :

a) De conserver et de présenter au trésorier-payeur général ou à son délégué toutes les pièces justificatives nécessaires à l'exercice du contrôle ;

b) De tenir sa comptabilité conformément au plan comptable général approuvé par arrêté du ministre de l'économie et des finances, cette comptabilité devant faire apparaître les charges et les produits de l'exercice, les résultats, la situation des immobilisations et le tableau des amortissements correspondants ;

c) D'adresser au trésorier-payeur général, dans les trois mois suivant la clôture de l'exercice, les comptes de résultat de cet exercice. Dans le cas où l'établissement a bénéficié de ressources afférentes à la taxe d'apprentissage, l'emploi de ces ressources doit être retracé sous une rubrique spéciale.

Les établissements sont en outre soumis aux vérifications de l'inspection générale des finances.