Dans les services autonomes de santé au travail, le médecin du travail exerce ses activités dans les conditions prévues ci-après :
La nomination est soumise pour accord au comité d'entreprise qui doit se prononcer à la majorité des membres présents par un vote à bulletin secret. A défaut d'accord, la nomination est prononcée sur décision de l'inspecteur du travail prise après avis du médecin inspecteur régional du travail et de la main-d'oeuvre.
Le projet de licenciement est soumis pour avis au comité d'entreprise qui doit se prononcer à la majorité des membres présents par un vote à bulletin secret après l'audition de l'intéressé.
Le licenciement, conformément au troisième alinéa de l'article L. 241-6-2 du code du travail, ne peut intervenir que sur autorisation de l'inspecteur du travail, après avis du médecin inspecteur régional du travail et de la main-d'oeuvre.
Le médecin du travail est lié à l'employeur par un contrat de travail régi par le code du travail et conclu dans le respect du code de déontologie médicale.
Il assure personnellement l'ensemble de ses fonctions ; celles-ci sont exclusives de toute autre fonction dans les établissements dont il a la charge.
Il doit consacrer mensuellement aux tâches prévues par les sections 1 à 6 du présent chapitre un temps minimal d'une heure pour quinze salariés.
Il établit un rapport annuel d'activité dans la forme prévue par un arrêté du ministre de l'agriculture et le présente au comité d'entreprise au plus tard à la fin du quatrième mois qui suit l'année pour laquelle ce rapport a été établi.
Dans le délai d'un mois à compter de sa présentation, l'employeur transmet un exemplaire du rapport, accompagné le cas échéant des observations formulées par le comité d'entreprise, à l'inspecteur du travail.