Le préfet du département dans lequel est situé le siège de l'établissement de l'élevage ou son représentant participe de droit aux réunions du comité d'orientation de l'élevage. Il est assisté par le directeur départemental de l'agriculture et de la forêt du département dans lequel est situé le siège de l'établissement de l'élevage. Pour l'exercice de la tutelle qu'il exerce sur l'établissement au titre des missions relatives à l'identification et à l'enregistrement et à la certification de la parenté des animaux d'élevage, le préfet peut prendre connaissance de l'ensemble des dossiers et documents détenus par l'établissement relatifs à ces missions.

Lorsque l'établissement de l'élevage est agréé pour une ou plusieurs régions, le préfet de la région dans laquelle est situé le siège de l'établissement de l'élevage ou son représentant participe de droit aux réunions du comité d'orientation.