Pour chaque livre généalogique est constituée, par arrêté du ministre chargé de l'agriculture, une commission du livre généalogique présidée par le ministre de l'agriculture ou son représentant et comprenant des représentants de chacune des commissions de stud-books figurant dans le livre généalogique. Le secrétariat de cette commission est assuré par l'établissement public Institut français du cheval et de l'équitation.

La commission du livre généalogique peut être consultée sur tout sujet relatif à l'amélioration génétique des équidés. Elle est consultée sur toute modification d'un règlement de stud-book figurant dans ce livre généalogique.