Pour chaque race, est créée une commission de stud-book. Elle est présidée par le représentant de l'organisme agréé pour assurer l'orientation et l'amélioration génétique de la race concernée. Elle est composée de représentants de l'administration et de représentants des éleveurs et utilisateurs désignés par l'organisme agréé. Ces derniers constituent la majorité de ces commissions dont la composition détaillée est fixée par le règlement de stud-book.

La commission de stud-book détermine la politique d'amélioration génétique et de sélection de la race, propose les modifications du règlement de stud-book et se prononce sur les cas particuliers d'application de ce règlement aux équidés relevant de la race concernée.

Le secrétariat des commissions de stud-book est assuré par l'établissement public Institut français du cheval et de l'équitation.