Les statuts des fonds de mutualisation prévoient les conditions d'établissement par leur conseil d'administration de programmes d'indemnisation comprenant :
― le descriptif de la maladie animale ou de l'organisme nuisible aux végétaux ou de l'incident environnemental à l'origine de la demande d'indemnisation, une évaluation du nombre d'agriculteurs concernés ;
― la liste des pertes économiques générées par l'événement sanitaire ou environnemental considéré ;
― par section, le montant des pertes économiques associées et les modalités d'intervention du fonds de mutualisation, notamment le nombre de sections intervenant dans le programme d'indemnisation ainsi que la répartition du financement de l'indemnisation entre les sections intervenantes.
Les statuts des fonds prévoient également que le montant de l'indemnisation qu'ils versent à chaque exploitation est égal au montant total de pertes économiques constatées multiplié par le taux d'indemnisation déterminé par son conseil d'administration. Le montant des pertes économiques éligibles à indemnisation est calculé conformément aux modalités de calcul des pertes économiques définies dans le dossier technique accompagnant la demande d'agrément du fonds délivrée en application de l'article R. 361-60.