A parution d'un arrêté d'attribution départementale du ministre chargé de l'agriculture pris dans le délai d'un mois après l'avis du Comité national de l'assurance en agriculture, les sommes correspondantes sont virées par la Caisse centrale de réassurance, pour le compte du Fonds national de garantie des calamités agricoles à l'agent comptable central du Trésor pour être mises à la disposition du trésorier-payeur général du département intéressé à un compte ouvert à cet effet au Trésor au nom de cet organisme. Les trésoriers-payeurs généraux, dès réception des crédits, en informent les préfets.
Le préfet, assisté du comité départemental d'expertise, arrête pour chaque dossier le montant des sommes allouées à chaque demandeur. Il est tenu compte, le cas échéant, des sommes déjà versées à titre d'acompte. Le paiement est fait par le comptable du Trésor dans le délai d'un mois après la réception des documents permettant le mandatement des indemnités allouées à chaque sinistré. En cas de métayage, la somme afférente aux dommages mentionnés au 1° de l'article R. 361-24 est versée au preneur du fonds et le bailleur est informé de ce versement par le préfet.
Lorsque le bénéficiaire a déjà obtenu un prêt au titre des calamités, l'indemnisation qui lui est servie sous forme définitive ou d'acompte doit, dans un délai d'un mois suivant son versement, être affectée au remboursement anticipé d'une partie du montant du prêt égale au montant de l'indemnisation, sous peine de l'interruption de la bonification de ce prêt.