La procédure d'instruction des recours est contradictoire.

La décision de la commission des recours ne peut intervenir qu'après que l'exploitant sanctionné et le préfet auteur de la décision ont été mis à même de présenter leurs observations écrites.

Ceux-ci sont informés qu'ils seront entendus par la commission des recours s'ils en font la demande. Ils peuvent se faire assister ou représenter.

La commission des recours peut demander à l'administration ou à l'auteur du recours de lui communiquer tous documents utiles à l'instruction du dossier. Elle peut aussi convoquer les personnes de son choix.