Le président-directeur général peut procéder, entre deux décisions modificatives, à l'inscription de crédits d'intervention ou de transfert, à la demande expresse des ministres chargés de l'agriculture, de l'emploi et du budget ou lorsque cette inscription est rendue nécessaire en raison des dispositifs dont l'agence assure la gestion pour le compte d'autres partenaires que l'Etat.

Les modifications ainsi apportées au budget de l'année sont soumises ultérieurement au vote de l'organe délibérant au cours de la première réunion qui suit leur mise en œuvre.