Les engagements agroenvironnementaux peuvent être modifiés au cours de la période d'engagement :
1° Soit pour substituer une mesure à une autre si cette substitution présente des avantages environnementaux indiscutables ;
2° Soit en cas de cession partielle ou totale de l'exploitation, ou de reprise partielle ou totale d'une exploitation ;
3° Soit en cas de changement de statut juridique du bénéficiaire ;
4° Soit pour prolonger la durée initiale de tout ou partie des engagements, sans pouvoir dépasser sept ans.
Dans les cas 1° à 3°, la modification prend effet au 15 mai qui suit la réalisation du changement de mesure, de la cession/reprise ou du changement de statut juridique du bénéficiaire.
La durée de l'engagement agroenvironnemental modifié est au minimum égale à la durée de l'engagement initial restant à courir. Cette durée peut toutefois être prolongée, par décision préfectorale, jusqu'à une durée totale de sept ans.