Le secrétariat général de la Commission nationale des sanctions est assuré par un secrétaire général assisté, le cas échéant, par un secrétaire général adjoint, désignés, sur proposition du président de la commission, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'économie et du ministre de l'intérieur.

Le secrétaire général instruit les affaires soumises à l'examen de la commission et assure le suivi de l'exécution de ses décisions.

Il dirige le personnel de la commission, mis à disposition de celle-ci par le ministre chargé de l'économie ou le ministre de l'intérieur, avec l'accord du président de la commission.