Le ministre chargé de la coopération préside un conseil d'orientation stratégique composé des représentants de l'Etat au conseil d'administration. Il peut inviter le président du conseil d'administration et le directeur général de l'agence à y participer.

Le conseil d'orientation stratégique coordonne la préparation par l'Etat du contrat d'objectifs et de moyens liant l'agence à l'Etat et en contrôle l'exécution. Il prépare, avant leur présentation au conseil d'administration, les orientations fixées par l'Etat à l'agence en application des décisions arrêtées par le comité interministériel pour la coopération internationale et le développement.