Le Centre des monuments nationaux est dirigé par un président, nommé par décret sur proposition du ministre chargé de la culture pour une durée de trois ans renouvelable. Il est administré par un conseil d'administration présidé par le président de l'établissement. Le conseil d'administration comprend, outre son président : 1° Un membre du Conseil d'Etat, désigné par le vice-président du Conseil d'Etat ; 2° Un membre de la Cour des comptes, désigné par le Premier président de la Cour des comptes ; 3° Un représentant du ministre chargé du tourisme ; 4° Deux représentants du ministère chargé du budget : a) Le directeur du budget ou son représentant ; b) Le directeur général des finances publiques ou son représentant ; 5° Deux représentants du ministère chargé de la culture : a) Le directeur général des patrimoines ou son représentant ; b) Le secrétaire général ou son représentant ; 6° Cinq personnalités qualifiées, dont deux élus locaux, choisies en raison de leur compétence dans le domaine d'activité de l'établissement, désignées par le ministre chargé de la culture ; 7° Trois représentants du personnel élus selon des modalités fixées par arrêté du ministre chargé de la culture.

Le directeur général du Centre des monuments nationaux, le membre du corps du contrôle général économique et financier ou son représentant et l'agent comptable assistent également aux séances du conseil d'administration avec voix consultative. Le président peut appeler à participer aux séances du conseil d'administration avec voix consultative toute personne dont il juge la présence utile. Les membres du conseil d'administration mentionnés aux 1°, 2°, 3°, 6° et 7° de l'article R. 141-10 sont élus ou nommés pour trois ans. Toute vacance définitive survenue au sein du conseil d'administration pour quelque cause que ce soit, y compris la perte par un membre de la qualité au titre de laquelle il siège, est pourvue dans un délai de deux mois. Le mandat du remplaçant expire à la date à laquelle aurait pris fin le mandat de son prédécesseur. Les fonctions de membre du conseil d'administration, à l'exception de celles de président, sont exercées à titre gratuit. Elles ouvrent droit au remboursement des frais de déplacement et de séjour dans les conditions prévues par la réglementation applicable aux fonctionnaires de l'Etat.

Le conseil d'administration se réunit chaque fois qu'il est nécessaire et au moins deux fois par an, à l'initiative de son président ou du tiers au moins des membres en exercice. L'ordre du jour est arrêté par le président. Le conseil délibère valablement lorsque la moitié de ses membres ayant voix délibérative sont présents ou représentés par un administrateur auquel ils ont donné mandat dans la limite d'un mandat détenu par le même administrateur. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil d'administration est réuni une seconde fois sur le même ordre du jour dans un délai de quinze jours. Il délibère valablement quel que soit le nombre des membres présents. Les délibérations sont acquises à la majorité des membres présents ou représentés. En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le conseil d'administration règle, par ses délibérations, les affaires de l'établissement. Notamment : 1° Il détermine les objectifs de l'établissement et approuve son programme dans le cadre des orientations générales fixées par l'Etat ; 2° Il délibère sur les conditions générales d'organisation et de fonctionnement de l'établissement ; 3° Il adopte le rapport annuel d'activité qui est remis au ministre chargé de la culture ; 4° Il vote le budget et ses modifications ; il est informé de la programmation des travaux conduits sous la maîtrise d'ouvrage de l'établissement ; 5° Il arrête le compte financier de l'exercice clos et décide de l'affectation des résultats de l'exercice ; 6° Il décide des emprunts ; 7° Il accepte ou refuse les dons et legs autres que ceux consistant en biens culturels destinés à prendre place dans les collections ; 8° Il autorise les subventions ; 9° Il délibère sur les projets d'achats et de prises à bail d'immeubles et, pour les biens dont l'établissement public est propriétaire, les projets de ventes et de baux d'immeubles ; 10° Il fixe les conditions générales de passation des contrats, conventions et marchés conclus par l'établissement ; 11° Il délibère sur la politique tarifaire de l'établissement en matière de droits d'entrée, de prestations annexes et de redevances d'occupation dans les monuments nationaux et dans les monuments mentionnés à l'article R. 141-3 ; 12° Il décide des créations de filiales, des prises, extensions et cessions de participation mentionnées au 7° de l'article R. 141-2 ; 13° Il détermine les conditions générales d'emploi et de rémunération du personnel ; 14° Il autorise les actions en justice et les transactions ; 15° Il délibère sur le contrat d'objectifs et les conventions mentionnées à l'article R. 141-9, ainsi que sur les conventions mentionnées à l'article R. 141-3. Le conseil d'administration peut déléguer au président, dans les conditions qu'il détermine, les décisions en matière de dons et legs, de subventions, de baux, d'actions en justice et de transactions. Le président rend compte, lors de la séance la plus proche du conseil d'administration, des décisions prises dans le cadre des délégations qui lui sont consenties.

Les délibérations du conseil d'administration prévues aux 6° et 12° de l'article R. 141-13 ne sont exécutoires qu'après approbation par arrêté conjoint du ministre chargé du budget et du ministre chargé de la culture. Les délibérations du conseil d'administration prévues aux 4°, 5°, 9°, 10°, 11° et 15° de l'article R. 141-13 sont exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par les ministres chargés du budget et de la culture, si l'un de ceux-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai. Les délibérations du conseil d'administration prévues au 13° de l'article R. 141-13 sont exécutoires de plein droit trente jours après leur réception par les ministres chargés du budget, de la culture et de la fonction publique, si l'un de ceux-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai. Les autres délibérations du conseil d'administration sont exécutoires de plein droit quinze jours après leur réception par le ministre chargé de la culture, si celui-ci n'y a pas fait opposition dans ce délai.

Le président du Centre des monuments nationaux dirige l'établissement public. A ce titre : 1° Il prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ; 2° Il représente l'établissement en justice et dans tous les actes de la vie civile ; 3° Il est l'ordonnateur des recettes et des dépenses de l'établissement dans les conditions prévues par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 relatif à la réglementation comptable applicable aux établissements publics nationaux à caractère administratif et n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement général sur la comptabilité publique. Il peut nommer des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature ; 4° Il peut prendre, dans l'intervalle des séances du conseil d'administration, après en avoir informé le membre du corps du contrôle général économique et financier, des décisions modificatives du budget qui ne comportent ni accroissement des effectifs permanents ou du montant total des dépenses ni réduction du montant total des recettes ; ces décisions sont soumises pour ratification au conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance ; 5° Il crée des régies d'avances et des régies de recettes sur avis conforme de l'agent comptable ; 6° Il a autorité sur les personnels et les affecte au sein de l'établissement sur proposition du directeur général ; il gère et recrute les personnels contractuels ; il définit l'organisation des services de l'établissement, conformément aux orientations arrêtées par le conseil d'administration ; 7° Il préside le comité technique paritaire et le comité d'hygiène, de sécurité et des conditions de travail ; 8° Il signe les conventions engageant l'établissement et passe les marchés répondant aux besoins de celui-ci ; 9° Il fixe le prix des droits d'entrée, des prestations et services rendus par l'établissement, des redevances d'occupation dans les monuments nationaux et les monuments mentionnés à l'article R. 141-3, conformément aux orientations arrêtées par le conseil d'administration ; 10° Il décide, au nom de l'Etat, des acquisitions réalisées dans les conditions prévues à l'article R. 141-8. Il accepte ou refuse les dons et legs consistant en biens culturels destinés à prendre place dans les collections des monuments nationaux dans les conditions prévues par l'arrêté mentionné à l'article R. 141-8 ; 11° Il arrête la programmation des travaux dans les monuments nationaux ; 12° Il rend compte de sa gestion au conseil d'administration. Le président peut déléguer sa signature au directeur général. Sauf dans les cas mentionnés au 4°, il peut également déléguer sa signature aux responsables des services de l'établissement.

Le président est assisté par un directeur général nommé par arrêté du ministre chargé de la culture sur proposition du président du conseil d'administration. Il est chargé, sous l'autorité du président, de l'administration et de la gestion de l'établissement. Il prépare et met en œuvre les décisions du président et du conseil d'administration.