L'agence est soumise au régime financier et comptable défini par les décrets n° 53-1227 du 10 décembre 1953 et n° 62-1587 du 29 décembre 1962, en tant que ce texte concerne les établissements publics à caractère administratif.

Les opérations liées au réaménagement du spectre des fréquences radioélectriques font l'objet d'une individualisation budgétaire et comptable.

L'agent comptable de l'agence est nommé par arrêté du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général après avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements publics autonomes de l'Etat. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier dont les attributions sont précisées par arrêté du ministre chargé des communications électroniques et du ministre chargé du budget.

Les marchés sont passés dans les formes et conditions prescrites par le code des marchés publics.

Les ressources de l'agence sont :

1° Les subventions publiques ;

2° Le produit de la redevance mentionnée à l'article L. 97-2 ;

3° La rémunération des services rendus ;

4° Les revenus du portefeuille ;

5° Le produit des dons et legs.

L'agence perçoit au bénéfice du fonds de réaménagement du spectre les contributions des personnes publiques ou privées versées à des fins de réaménagement du spectre.

Les fonds de l'agence, ainsi que ceux du fonds de réaménagement du spectre, sont placés auprès du Trésor public dans les conditions définies aux articles 174 et 175 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées après avis du membre du corps du contrôle général économique et financier dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 ou après son accord dans les conditions fixées par l'arrêté du 23 décembre 1992 relatif aux conditions dans lesquelles les directeurs d'établissements publics nationaux peuvent instituer des régies d'avances et des régies de recettes.