L'agence est soumise au contrôle financier de l'Etat institué par le décret du 25 octobre 1935 instituant le contrôle financier des offices et établissements publics autonomes de l'Etat. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier dont les attributions sont précisées par arrêté du ministre chargé des communications électroniques et du ministre chargé du budget.