Le conseil élit en son sein le président et le vice-président. L'élection a lieu au scrutin secret. Aux premier et deuxième tours de scrutin, l'élection a lieu à la majorité absolue des suffrages exprimés, exclusion faite des bulletins blancs ou nuls, et, au troisième tour, à la majorité relative des suffrages exprimés et, en cas de partage des voix, au bénéfice de l'âge.

Lorsque la réunion du conseil intervient à la demande du ou des ministres chargés de la sécurité sociale et du budget ou de la moitié au moins des membres du conseil, la convocation est de droit dans les vingt jours suivant la réception de la demande. Les questions dont les ministres chargés de la tutelle ou la moitié des membres du conseil demandent l'inscription à l'ordre du jour sont inscrites de droit.

Le conseil ne peut valablement délibérer que si la majorité de ses membres ayant voix délibérative assistent à la séance. Si le quorum n'est pas atteint, le conseil est à nouveau convoqué avec le même ordre du jour dans un délai maximal de vingt jours. Il délibère alors valablement quel que soit le nombre des membres présents. En cas d'empêchement, un membre du conseil peut donner délégation à un autre membre. Aucun membre ne peut recevoir plus d'une délégation.

Les délibérations du conseil sont adoptées à la majorité simple des membres présents.

Lorsque le conseil demande un second projet en application des dispositions du dix-neuvième alinéa de l'article L. 221-3, il est saisi dans les vingt jours suivant sa première délibération. Il peut s'opposer à ce second projet sur le fondement d'un avis motivé à la majorité qualifiée des deux tiers de ses membres.

Lorsqu'il est saisi par le ministre chargé de la sécurité sociale de la proposition de nomination du directeur général, le conseil dispose d'un délai de onze jours à compter de sa saisine pour faire valoir le cas échéant son droit d'opposition. L'avis est réputé rendu en l'absence de notification au ministre chargé de la sécurité sociale dans le délai de onze jours. En cas d'opposition du conseil à la majorité des deux tiers, le ministre chargé de la sécurité sociale transmet une nouvelle proposition.

Lorsqu'il est envisagé de mettre fin aux fonctions du directeur général avant le terme de son mandat, le ministre chargé de la sécurité sociale en informe le conseil de la Caisse nationale de l'assurance maladie des travailleurs salariés qui dispose d'un délai de quinze jours à compter de sa saisine pour faire connaître son avis au ministre. L'avis est réputé défavorable en l'absence de sa notification au ministre chargé de la sécurité sociale dans le délai de quinze jours.

Le directeur général, l'agent comptable et le membre du corps du contrôle général économique et financier assistent, avec voix consultative, aux séances de la commission des accidents du travail et des maladies professionnelles. Ils assistent, avec voix consultative, ou se font représenter aux séances des commissions ayant reçu délégation du conseil.

Le conseil ne peut se substituer ou donner des injonctions au directeur général dans l'exercice des pouvoirs propres de décision de ce dernier, ni annuler ou réformer les décisions prises à ce titre.

Le conseil peut constituer en son sein des commissions auxquelles il peut déléguer une partie de ses attributions.

Il peut entendre toute personne ou organisation dont il estime l'audition utile à son information.