Pour l'application du deuxième alinéa de l'article L. 162-22-7, l'agence régionale de santé d'Ile-de-France prépare, avec le service de santé des armées et la Caisse nationale militaire de sécurité sociale, un projet de protocole de bon usage des médicaments et des produits et prestations. Le protocole, conclu pour une durée de trois à cinq ans, est signé par le ministre de la défense et les ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale.

Chaque année, l'agence contrôle l'application de ce protocole dans les mêmes conditions que celles prévues au décret mentionné au deuxième alinéa de l'article L. 162-22-7 et propose aux ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale le taux de remboursement qu'ils arrêtent après information préalable du ministre de la défense. Le taux de prise en charge applicable est notifié au ministre de la défense et à la Caisse nationale militaire de sécurité sociale conformément au troisième alinéa de l'article L. 162-22-7.