L'Ecole nationale supérieure de sécurité sociale est soumise au contrôle financier institué par le décret du 25 octobre 1935. Ce contrôle est assuré par un membre du corps du contrôle général économique et financier dont les attributions sont définies par arrêté conjoint du ministre chargé du budget, du ministre chargé de la sécurité sociale et du ministre chargé de l'agriculture.